本当に汚染されてるじゃないか馬鹿

コメントを頂いたので独り言でもないけど流れ的に。
ちょっと調べてみたら過去に皆さん色々検討されてるんですね。
つーか「prototype 汚染」で一番上に来たmalaさんからコメントを頂いたよ！
俺も今日からジャバスクリプッター！

そうでもない。

userjsが適用される前に優先的に適用されるuserjsがあると良いんじゃないでしょうか。

これは簡単なのですが、ページのほうにボタンを押すと動くスクリプトとかあると結局ダメじゃないですか？
あと、別ファイルを入れることを前提にしたuser.jsは配布が面倒になってくるので、「絶対に存在する」という本体側での実装が自由と引き換えですが良い気がします。

ちなみにmalaさんのご意見と違うのは承知ですが、Scripts/Globals/*.jsというのを置くと、それはページのスクリプト実行前に突っ込んでたはずです。（これも上記理由から削除方向で考えていますが）